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2016年7月，甲公司与建设方乙公司签订A工程总包合同。工程含税总造价9240.75万元，2016年8月1日开工，2017年2月25日竣工。当月，甲公司与丙公司签订分包合同，将A工程部分土建项目3330万元分包给丙公司。2016年12月，甲公司按工程进度和合同约定，与乙公司结算，开具增值税专用发票含税价款8325万元，并取得丙公司发票含税价款3330万元。
甲公司计算预缴企业所得税=（8325-3330）×0.2%=9.99（万元），并向A工程所在地主管税务机关纳税申报。
会计处理：（单位：万元）
借：工程施工9.99
贷：应交税费——应交所得税9.99
借：应交税费——应交所得税9.99
贷：银行存款9.99
甲公司未在2016年第四季度企业所得税预缴纳税申报表上反映A工程预缴税款9.99万元。
审计人员根据税收政策，分析跨省经营工程项目预缴税款税务处理。
1.会计科目运用错误。
《国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（国税函〔2010〕156号）第三条规定，建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季度由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。第四条规定，总机构只设跨地区项目部的，扣除已由项目部预缴的企业所得税后，按照其余额就地缴纳。
根据上述规定，甲公司预缴A工程税款计入“工程施工”科目并结转至“主营业务成本”科目的会计处理不恰当。这种操作，将直接减少会计利润。正确的做法是，应通过“所得税费用”科目核算。
2.A工程预缴税额错误。
依据营改增政策，A工程适用11%税率计算不含税收入，预缴税款=（8325-3330）÷1.11×0.2%=9（万元）。因此，多预缴税额=9.99-9=0.99（万元）。
3.预缴税款未在申报表中填报，属错报。
《国家税务总局关于发布〈中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（2015年版）等报表〉的公告》（国家税务总局公告2015年第31号）附件1填报说明：第14行“特定业务预缴（征）所得税金额”：填报按照税收规定的特定业务已经预缴（征）的所得税额。建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，按规定向项目所在地主管税务机关预缴企业所得税填入此行。因此，正确地填报应在该行“本期金额”反映2016年第四季度预缴税款9.99万元。
2016年度企业所得税纳税申报表填报时，在《跨地区经营汇总纳税企业年度分摊企业所得税明细表》（A109000）第6行“（一）总机构为其直接管理的建筑项目部所在地预分的所得税额”填报9.99万元。那么，主表《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表（A类）》（A100000）第32行“本年累计实际已预缴的所得税额”如何填报？如甲公司2016年度在其机构所在地已预缴企业所得税30.01万元，则此行应填报金额=30.01+9.99=40（万元）。
针对审计中发现的问题，审计人员提出处理意见：
1.纳税调增所得额9.99万元。
2.对A工程计算错误多缴税款0.99万元，在2017年预缴税款中抵减，但2016年仍按9.99万元填报。
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